In Susanne Koglers Forschungsarbeit, die sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin, Gastforscherin und Privatdozentin an die Grazer Kunstuniversität, die Universität Paris 8 und die Karl-Franzens-Universität Graz führte, verbinden sich musikästhetische, analytische und historische Perspektiven. Die Musik des 20. und 21. Jahrhunderts nimmt dabei einen besonderen Stellenwert ein.
Ihre Dissertation am Institut für Wertungsforschung der Kunstuniversität Graz widmete sie dem Thema „Sprache und Sprachlichkeit im zeitgenössischen Musikschaffen“ (Studien zur Wertungsforschung Bd. 39, Graz, Wien: Universal Edition, 2003). In den Themenkreis „Sprache und Musik“ fallen auch zahlreiche Publikationen zu Lied, Oper und Musiktheater.
Einen weiteren Schwerpunkt bildet die Debatte um Moderne und Postmoderne, der auch ihre Habilitationsschrift und ihr darauf basierendes Buch gewidmet sind: „Adorno versus Lyotard. Moderne und postmoderne Ästhetik“, Freiburg: Alber, 2014.
Zahlreiche Aufsätze beschäftigen sich mit dem Verhältnis von Tradition und Innovation in der Musik, wobei aktuell die Kombination von instrumentalen und elektronischen Klängen im Vordergrund steht.
Seit 2009 widmet sich Susanne Kogler auch der Genderforschung und fungierte zwei Jahre lang als stellvertretende Leiterin des Zentrums für Genderforschung der Grazer Kunstuniversität. Neben allgemeinen Fragen zur Kanonbildung, Kompositions- und Rezeptionsästhetik richtet sie einen besonderen Fokus auf das Schaffen von zeitgenössischen Komponistinnen.
Susanne Koglers Herausgebertätigkeit spiegelt ihre Forschungsschwerpunkte wider: „Die Saite des Schweigens. Ingeborg Bachmann und die Musik“, hrsg. v. Susanne Kogler und Andreas Dorschel, Wien: Edition Steinbauer, 2006; „Expression et geste musical“, hrsg. v. Susanne Kogler und Jean-Paul Olive, Paris – Budapest – Torino: L’Harmattan 2013; „Autorschaft, Genie, Geschlecht. Musikalische Schaffensprozesse von der frühen Neuzeit bis zur Gegenwart“, hrsg. v. Kordula Knaus und Susanne Kogler, Wien: Böhlau, 2013; „Die Zukunft der Oper. Zwischen Hermeneutik und Performativität“, hrsg. v. Barbara Beyer, Susanne Kogler und Roman Lemberg, Berlin: Theater der Zeit (in Druck).
Im am Institut für Musiktheater der Kunstuniversität Graz angesiedelten künstlerischen Forschungsprojekt „Von der Hermeneutik zur Performativität“ (PEEK-Programm), das sich am Beispiel von Mozarts „Così fan tutte“ mit innovativen Inszenierungsstrategien für die Oper beschäftigte, war sie bei Konzeption und Durchführung für die wissenschaftliche Komponente verantwortlich.
Aktuelle Arbeiten sind methodischen Überlegungen zur Musikgeschichtsschreibung und den Möglichkeiten einer kritischen Ästhetik heute gewidmet.
Seit ihrer Habilitation (Juni 2012) ist Susanne Kogler als Privatdozentin und Lehrbeauftragte an der Karl-Franzens-Universität Graz tätig (http://musikwissenschaft.uni-graz.at/de/forschen/). Das vom FWF geförderte Forschungsprojekt zur modernen und postmodernen Ästhetik (Charlotte-Bühler-Programm) führte sie an der Université Paris 8 durch, wo sie assoziiertes Mitglied der Forschungsgruppe (Equipe d'accueil) „Analyse et Esthétique Musicales“ ist (http://www.musique.univ-paris8.fr/node/77).).
Als Leiterin des Universitätsarchivs der Kunstuniversität Graz widmet sie sich seit 2012 schwerpunktmäßig der Digitalisierung und Erschließung von Sammlungs- und Altbeständen als Basis institutionsgeschichtlicher Forschungen. Besonderes Augenmerk liegt auf dem Aufbau eines universitären Bild- und Tonarchivs sowie einer Sammlung zur Dokumentation des zeitgenössischen kompositorischen Schaffens („Archiv der Gegenwart“). Ein von ihr initiierter Forschungsschwerpunkt widmet sich der NS-Forschung in der Musik.
Seit 2013 ist Susanne Kogler Mitglied des derzeit an der Leuphana Universität Lüneburg angesiedelten Forschungskollegs für Kritische Theorie (FKT) (http://www.leuphana.de/ueber-uns/personen/sven-kramer/forschung/projekte-laufend/fkt.html